Unter den Linden 7 | Schlosskirche Buch
Schuke & St. Marien | | Evg. Kirche Berlin Karlshorst
1956 schenkte die Gemeinde St. Marien – die St. Nikolai-Kirche war im Krieg zerstört – die Orgel der Evangelischen Kirchengemeinde Zur Frohen Botschaft in Berlin-Karlshorst. Die Orgelbau-Firma Schuke, Potsdam, erhielt den Auftrag zur Restaurierung und Umsetzung nach Karlshorst; doch gemäß den 1934 geäußerten Überlegungen Hans Joachim Schukes wurde nach Wagners Vorbildern "barockisiert": Die drei originalen Labialpfeifen-Register, die auf den Windladen der drei Werke den Platz am Stimmgang einnahmen (in einer klassischen Konzeption den Zungen-Registern "vorbehalten"), wurden durch hochwertige Zungenstimmen der Firma Giesecke, Göttingen, ersetzt. Westdeutsche Spender haben dies ermöglicht. Auch wurden Veränderungen u.a. an der Spielmechanik und an den Pfeifen sowie an wesentlichen Maßverhältnissen in der Orgel vorgenommen.
Am 19. Juni 1960 wurde die Amalien-Orgel in der Kirche Zur Frohen Botschaft in Berlin-Karlshorst wiedereingeweiht.
Die Amalien-Orgel hatte bis zum Abbau in der Bucher Kirche ihren kammermusikalischen Charakter beibehalten können. Erst mit dem Umbau 1959/60 zur Kirchenorgel, orientiert an Joachim-Wagner-Vorbildern (jedoch ohne Reduzierung auf deren Claviaturumfang), war ein sehr schwerwiegender Eingriff vollzogen.
Im Jahr 2004 nahm eine Orgelkommission ihre Arbeit auf mit dem Ziel der grundlegenden Restaurierung des Instrumentes. Parallel setzte sich der im Jahr 2003 gegründete Förderkreis Amalien-Orgel e.V. für eine verstärkte Öffentlichkeitsarbeit sowie eine Mittelaquise für das geplante Vorhaben ein. Im Jahr 2008 beschloss die Paul-Gerhardt-Kirchengemeinde Lichtenberg als Eigentümerin der Orgel die Umsetzung der erarbeiteten Konzepte. Im Herbst 2009 wurde die Amalien-Orgel durch die beauftragte Orgelbauwerkstatt Kristian Wegscheider abgebaut und in der Dresdner Werkstatt restauriert. Am 10. Dezember 2010 wurde sie wieder ihrem Dienst als Gottesdienst-, Konzert- und Ausbildungsinstrument übergeben.